Logo IAI YAPNAS Jeneponto merefleksikan identitas, cita-cita keilmuan, serta kebanggaan lokal yang menyatu dalam keagungan nilai-nilai Islam. Nilai filosofis dasar yang terkandung di dalamnya:
- Perisai Bundar Warna Hijau: Memiliki makna bahwa IAI YAPNAS Jeneponto akan senantiasa berkembang dan bergerak dinamis dalam mengantisipasi perkembangan global.
- Bulan Sabit Berwarna Hijau: Melambangkan semangat agama Islam, yakni semangat pembaharuan yang berkelanjutan
- Bentuk Pena: Bermakna IAI YAPNAS Jeneponto sebagai tempat berkarya, yang diharapkan mampu menelurkan karya-karya ilmiah yang berani dalam tujuannya menuju transformasi yang lebih baik.
- Abstraksi Daun Lontara / Tala: Berwarna keemasan sebagai identitas khas Kabupaten Jeneponto. Warna keemasannya menunjukkan kematangan, kedewasaan, dan kejayaan.
- Warna Hijau: Bermakna kampus sebagai wadah bagi seluruh sivitas akademika untuk hidup dan tumbuh bersama.
- Warna Kuning Emas: Melambangkan kejayaan dan energi keilmuan.
- Warna Merah: Melambangkan semangat dan keberanian dalam membela kebenaran.
- Warna Putih: Melambangkan kesucian dan keluhuran budi pekerti.