Pendirian institusi ini dilatarbelakangi oleh kondisi geografis Kabupaten Jeneponto yang cukup jauh dari pusat perkotaan perguruan tinggi, serta keterbatasan ekonomi masyarakat yang menyebabkan rendahnya aksesibilitas untuk melanjutkan pendidikan tingkat tinggi. Kondisi tersebut berdampak pada minimnya lulusan sarjana yang berimplikasi langsung pada lambatnya kemajuan pembangunan daerah akibat keterbatasan kualitas sumber daya manusia (SDM).
Mencermati persoalan tersebut, tokoh-tokoh masyarakat pemerhati pendidikan yang terhimpun dalam Yayasan Pendidikan Nasional (YAPNAS) Jeneponto—di antaranya Abd. Fattah Tika, Shafiah Aras, H. Liorang, Lologau, Salehuddin Yasin, H. Baso Lala, dan Hamid Sulaiman—mendirikan Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) YAPNAS Jeneponto pada 1 September 1999.
Milestone Perjalanan Institusi:
- 1 September 1999: Didirikan oleh Yayasan Pendidikan Nasional (YAPNAS) Jeneponto dan mulai menerima mahasiswa baru untuk Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Ahwal Syakhsiyyah (AS).
- 10 Juli 2000 & 31 Agustus 2001: Memperoleh izin operasional resmi dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Agama RI (E/272/2001) untuk jenjang S1 PAI, S1 Ahwal Syakhsiyyah, D2 PGSD/MI, serta D2 PGTK/RA.
- Tahun 2007: Program D2 resmi ditutup untuk fokus pada peningkatan mutu dan jenjang sarjana (S1).
- Tahun 2009: Menambah program studi baru, yaitu S1 Perbankan Syariah.
- Tahun 2019: Mengajukan permohonan Akreditasi Institusi serta usulan pembukaan program studi baru.
- Tahun 2021: Resmi memperoleh izin pembukaan program studi baru, yaitu Tadris IPA, Tadris Bahasa Inggris, dan Pendidikan Bahasa Arab (PBA) untuk memperluas cakupan keilmuan dan kependidikan.
- Tahun 2025: Secara resmi mengalami alih status (transformasi) dari Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) menjadi Institut Agama Islam (IAI) YAPNAS Jeneponto, yang menandai babak baru pengembangan keilmuan modern, integrasi kewirausahaan Islami, dan penguatan riset terapan.